本作のゲーム部分は、シリアスなストーリーと高難易度で好評を博したファミコン版ベースで、システムや操作感、使用制限のある忍術(サブウェポン)等、基本的な部分はほぼ踏襲しています。ただ、ファミコン版にあった壁の張り付きはありませんが、その代わり三角跳び(忍者くん阿修羅の章にあったアレ)ができます。また本作では、体力を削って画面中の敵にダメージを与えるメガクラッシュ(byカプコン)が使えます。

このシリーズは高い難易度で知られていますが、本作でも敵配置や嫌らしいアルゴリズム、スクロールアウトすると倒した敵が復活する等、ファミコン版の高難易度の原因だった要素がこのマスターシステム版でも健在です。何度もプレイを繰り返し、いかにしてパターンを組み立てるかが攻略の要であり、本作のウリでもあります。幸いフリーコンティニュー制で、復活地点も遠い場所ではないので、繰り返しコンティニューもそれほど苦ではありません。逆にアドリブ重視のプレイヤーには向かないかも知れません。(ちなみに私は初クリアーに30回以上コンティニューしました)

物語は前述した通りファミコン版とのストーリーの繋がりは一切なく、セガによる完全オリジナルストーリーなのですが、これがまたセガらしくB級的なノリだったりします。
ファミコン版では基本的にアメリカを舞台にしていましたが、こちらは日本を舞台に展開していきます。正確には勘違いした日本を舞台にしたと言えばわかるでしょうか。ボスが力士だったり、出っ歯がカメラのフラッシュで攻撃したり、チンピラがドスで特攻したり、侍が刀を振り回したり…もうB級テイストぷんぷんです。(つか、魔王連獅子かい)初代ファミコン版と同時期に稼動したアーケード版には、ステージクリアーデモに装束姿で寿司を食べるシーンがあるなどB級テイストを臭わせていましたが、本作もそれを彷彿させるほどのB級っぷりです。なので、シリアスなファミコン版の後にマスターシステム版をプレイすると激しく違和感がありますが、アーケード版しか知らない人なら問題ないかも知れません。
ちなみにファミコン版にあった、ステージクリアー時に挿入されるドラマティックなシネマディスプレイ(今で言うムービーシーン)がなく、ただの一枚絵と数行のメッセージ表示で済まされています。まあ、あの世界観でシリアスな展開を見せるのは難しいでしょうから、それほど気にならないかと思います。

個人的には同じファミコン版ベースでありながら微妙な出来だったゲームギア版より楽しめました。欧州でもマスターシステム末期に発売さらたせいか、やや入手困難だと思いますが、龍剣伝ファンの方々にはファミコン版のシビアなゲーム性とアーケード版のB級テイストを混ぜ合わせた、このマスターシステム版を一度はやってみて欲しいところです。完成度から見ればファミコン版シリーズほど洗練されていませんが、一度プレイすれば、ファンとしてのステータスアップ間違いなしです。

それにしても、ゲームギア版といい発売中止となったメガドライブ版といい、各セガハードで忍者外伝が開発されましたが、セガ社内に忍者龍剣伝好きがいたのでしょうか?